Keď infikovaná tsetse fly uštipne ľudí, transkutánne vstrekne metacyklické tripomastigoty prítomné v slinných žľazách. Akonáhle v hostiteľovi, parazity vstupujú do lymfatického systému a krvi, kde sa premenia na cirkulujúce tripomastigoty a začnú nepretržitú reprodukčnú aktivitu binárnym štiepením (hemolymfatické štádium).
Parazitémia je periodická: momenty, kedy je zvýšená, sa striedajú s inými, v ktorých je náhle znížená v dôsledku produkcie špecifických protilátok infikovaným organizmom. Skupina parazitov, ale modifikáciou povrchových glykoproteínov, je schopná vyhnúť sa protilátkovej odpovedi. Preto sa opakuje cyklus násobenia a lýzy.
Neskôr v priebehu infekcie invázia trypanozómy do lymfatických uzlín, sleziny, pečene a mnohých ďalších orgánov. Smrť môže nastať niekoľko dní po zasiahnutí centrálneho nervového systému ( meningen-encefalitický stupeň ).
Cyklus sa udržiava, keď tsetse preletí krv infikovaného človeka alebo zvieraťa. Vo vektore sa prvoky množia v čreve pred migráciou do slinných žliaz hmyzu. Tse-tse fly môže preniesť infekciu na iného cicavca alebo na človeka s novým bodnutím, ak uplynulo aspoň 20-30 dní od nakazenia.
