Patogenéza skúma vývoj ochorenia a reťazca udalostí s ním spojených, ktoré krok za krokom určujú morfofunkčné zmeny buniek a tkanív, ktoré patria do postihnutých orgánov. Tieto zmeny môžu byť spôsobené chemickými, fyzikálnymi alebo biologickými činidlami (vírusy, baktérie atď.).
Kým etiológia definuje príčiny, patogenéza skúma jej dôsledky.
Pri čítaní medicínskych textov sa s nimi môžeme stretnúť v termínoch, ako sú: mikrobiálna patogenéza, zápalová patogenéza, vírusová patogenéza, malígna patogenéza (tendencia ochorenia, všeobecne nádoru, progresívne zhoršovanie ochorenia, ktoré sa môže stať potenciálne letálnym). Mnohé choroby rozpoznávajú rôzne kauzálne faktory (multifaktoriálna etiológia) a ešte viac početné sú faktory charakterizované rôznymi evolučnými mechanizmami (viacnásobná patogenéza).
