V cestujúcich môže bakteriálna flóra obvykle prítomná v črevnom trakte prejsť rýchlou zmenou, ktorá prichádza do styku s „neznámymi“ choroboplodnými zárodkami, ktoré sa ho pokúšajú kolonizovať. Prvou príčinou cestovnej hnačky sú v skutočnosti patogénne látky, ako sú baktérie, vírusy a parazity, ktoré sú schopné prekonať bariéry obrany a infikovať náš organizmus. Iné faktory však môžu zvýšiť pravdepodobnosť výskytu cestovnej hnačky.
Cestovná hnačka sa môže vyskytnúť v dôsledku zmeny klímy a teploty, stresu z cestovania a odlišnej stravy. Zvyčajne je pravdepodobnejšie, že sa táto porucha uzavrie v horúco vlhkom prostredí, charakterizovanom zlými hygienickými podmienkami. Počas pobytu v oblastiach s najväčším rizikom sa musia prijať primerané opatrenia pri konzumácii vody, nápojov a potravín, ktoré by mohli byť kontaminované. Okrem toho muchy môžu pôsobiť ako pasívne vektory infekčných agensov, pričom ich berú z jednej potraviny do druhej. Pozor aj na kúpanie a nepoužívanie vody z vodovodu, ani na čistenie zubov. Rozhodujúce sú aj charakteristiky cestujúceho, ako napríklad vek a predchádzajúce patologické stavy. Najmä tí, ktorí sú imunosupresívni alebo sú liečení liekmi, ktoré znižujú kyslosť žalúdka (napr. Ranitidín, omeprazol atď.), Sú viac vystavení riziku nakazenia infekciami tohto typu.
