Aj keď sa dnes môže zdať zrejmé, že je zrejmé, pre tisícročia človek ignoroval skutočnosť, že mikroskopické organizmy spôsobili určité choroby.
Do roku 1600 bola takzvaná teória spontánnej generácie považovaná za platnú, podľa ktorej niektoré organizmy môžu spontánne vzniknúť z neživej hmoty. Klasickým príkladom sú larvy, o ktorých sa predpokladá, že sa dajú vytvoriť z ničoho v kúsku rozloženého mäsa.
Prvou, ktorá zrušila túto teóriu, bol Francesco Redi, osobný lekár veľkovojvoda Toskánska. Redi vložila dva kusy čerstvého mäsa do dvoch samostatných nádob, pričom prvý otvorila a chránila druhú pred muchy so sietnicou. Po niekoľkých dňoch si všimol, že len s otvorenými nádobami sa plazí larvy. Redi preto ukázala, že larvy sa nevytvárajú z ničoho, ale pochádzajú z vajíčok uložených muchy.
Existencia mikroorganizmov začala hovoriť až v osemnástom storočí, vďaka štúdiám modenského Lazzara Spallanzaniho, ktorý v lekárskej literatúre raz vytvoril a zaviedol pojem „zárodok“. Avšak, objav baktérií je pripisovaný Antonymu Leeuwenhoekovi (1632-1723), textilnému obchodníkovi s vášňou pre mikroskopy.
Leeuwenhoek si všimol, že po čistení zubov boli v zubných kameňoch prítomné "živé tvory". Tento objav bol umožnený optimalizáciou optického mikroskopu, ktorý si vybudoval sám Leeuwenhoek a ktorý sa ďalej zlepšil.
Príchod moderného mikroskopu však otvoril nové otázky o teórii spontánnej generácie. Z prvých pozorovaní sa v skutočnosti zdalo, že jednoduchá expozícia organickej látky vzduchom viedla v krátkom čase k vývoju zárodkov na jeho povrchu.
Francúzsky biológ Louis Pasteur zasiahol, aby poprel hypotézu spontánnej mikrobiálnej generácie. Pasteur varil nejaký vývar v sklenenej banke s dlhým hrdlom, vybavenej špeciálnym zobákom v tvare S, aby sa zabránilo vniknutiu prachu (a baktérií do neho). Pasteur zistil, že vďaka týmto zariadeniam sa v pôde nevytvorili žiadne baktérie, a preto sa baktérie nevytvárajú spontánne.
