V úradnom liekopise sú všeobecné metódy hodnotenia, chemické aj biologické. Avšak farmakognózia tiež používa oveľa sofistikovanejšie metódy, ako sú spektroskopické a chromatografické metódy.
Hodnotenie kvality liekov z chemického hľadiska poskytuje výraznú hĺbkovú analýzu, ktorá je charakteristická pre analytickú kapacitu použitých nástrojov; inými slovami, liek sa hodnotí na základe množstva a kvality účinných látok, ktoré sú v ňom obsiahnuté a ktoré sú analyticky precízne determinované vďaka extrémne presným chromatografickým prístrojom. Medzi týmito chromatografickými technikami nájdeme: plynovú chromatografiu, hmotnostný plyn, HPLC (kvapalinová chromatografia na kolóne), ionomeničovú chromatografiu a doskovú chromatografiu (TLC, HPTLC). To všetko sú metódy, ktoré využívajú chromatografický princíp pri kvalitatívno-kvantitatívnom hodnotení chemických látok prítomných vo fytokomplexe. Tieto nástroje nám preto umožňujú vyhodnotiť liek ako fytokomplex, množstvo a kvalitu jednotlivých chemických tried, ich pomer a množstvo charakterizujúcej účinnej látky.
Na vyhodnotenie fytokomplexu je dôležité prijať najvhodnejšie stratégie na jeho extrakciu, pretože neexistuje analytická metóda, ktorej predchádza extrakcia. Extrakty sú potrebné pre technicko-farmakologickú analýzu lieku alebo prípadne na získanie prvkov použitia tohto lieku, ktoré môžu byť priamo umiestnené v terciárnom sektore. Metódy extrakcie umožňujú získať tie kategórie účinných látok, ktoré sa považujú za dôležité v kvalitatívnej klasifikácii lieku, alebo selektívne extrahovať jednu alebo viac kategórií, ktoré sa považujú za vyjadrenie jeho aktivity.
Účinné látky sú všeobecne molekuly glykozidov, alkaloidov, terpénov, antrachinónov; všetky sekundárne metabolity, ktoré sú vyjadrením relačnej biológie organizmu; Existujú však aj molekuly odvodené od primárneho metabolizmu zdravotného záujmu, ako sú sacharidy (škrob a jeho deriváty, celulóza a jej deriváty), proteíny a najmä proteolytické enzýmy (papaín alebo bromelaín).
Pred pokračovaním v extrakcii účinných látok z liečiva je potrebné zvážiť chemicko-fyzikálnu charakterizáciu liečiva; inými slovami, pred extrakciou aktívnej zložky je potrebné dobre poznať jej chemickú povahu z hľadiska polarity, pretože extrakčný proces je v podstate redukovaný na spojenie vhodného rozpúšťadla s liečivom. Toto rozpúšťadlo, ktoré je chemicky podobné princípu, ktorý sa má extrahovať, ho selektívne odstraňuje zo zvyšného fytokomplexu; Čím viac sa táto chemická afinita zvýrazní, tým lepšie sa uskutoční extrakcia ("podobné sa rozpúšťa podobne"). Z fytochemického hľadiska je preto nevyhnutné poznať princíp, ktorý sa má extrahovať, aby sa rozpúšťadlo alebo zmes rozpúšťadiel podobali skôr.
