Silná kyslosť obsahu žalúdka robí žalúdok obzvlášť nepriateľským prostredím pre vírusy a baktérie. Len jeden druh, Helicobacter pylori, dokáže stabilne prežiť a kolonizovať ľudskú sliznicu žalúdka. Pre zvyšok je väčšina požitých mikroorganizmov rýchlo zničená v priebehu niekoľkých minút.
Niekoľko štúdií in vitro ukázalo, že pre široké a účinné baktericídne pôsobenie musí byť pH zvlášť nízke. Konkrétne, pH rovné alebo menšie ako 2, 0 všeobecne zabíja všetky baktérie; podobná kyslosť je však v žalúdku prítomná len nalačno, zatiaľ čo po jedle prítomnosť potravy (hlavného vehikula, s ktorým baktérie prenikajú do žalúdka) dočasne zvyšuje pH na hodnoty 4-5.
Je tiež potrebné vziať do úvahy časový faktor, pretože čím nižšie pH a čím menej času je potrebné na dosiahnutie úplného baktericídneho účinku a naopak. Avšak hodnoty pH nad 3, 5 majú veľmi nízky baktericídny účinok, zatiaľ čo pH nad 4 má nulový baktericídny účinok.
Nedávne vedecké dôkazy dokazujú, že baktericídna aktivita sa okrem žalúdočnej kyslosti určuje aj pomocou pepsínu (proteolytického enzýmu, ktorý sa podieľa na trávení proteínov). Určité antibiotické účinky sú tiež vyvolané určitými enzýmami prítomnými v žalúdočnej šťave, ako sú defensíny a laktoferín.
V mikrobiálnej oblasti môže byť prežitie rôznych mikroorganizmov proti baktericídnej aktivite žalúdočných štiav podporované spojením s niektorými zložkami potravín; napríklad sa ukázalo, že virulencia salmonely je jednoznačne lepšia, keď sa zavádza do tráviaceho traktu proteínovými potravinami (napr. vajcami alebo mäsom) kontaminovanými.
Je zrejmé, že aj použitie antacidných liekov alebo inhibítorov protónovej pumpy, znižujúce pH žalúdka, podporuje prežitie baktérií v žalúdku. Okrem toho, ako sa zvyšuje bakteriálna záťaž (počet požitých baktérií), zvyšuje sa aj pravdepodobnosť, že niektoré mikroorganizmy prežijú.
Musí sa tiež zvážiť problém toxínov a spór. Toxíny sú látky produkované baktériami alebo ich zložkami, ktoré môžu spôsobiť poškodenie (otravu jedlom) aj vtedy, keď je baktéria zabitá kyslosťou žalúdka. Spóry sú skôr pokojové formy, v ktorých niektoré baktérie ustupujú, keď sú environmentálne podmienky nepriaznivé, len aby boli reaktivované hneď, ako to okolnosti dovolia; spóry Clostridium difficile napríklad prekračujú neporušenosť žalúdočnej kyseliny a potom klíčia v žalúdku.
V porovnaní s baktériami majú vírusy vo všeobecnosti väčšiu šancu prežiť kyslé prostredie žalúdka. Nie je prekvapením, že vírusy patriace do rodu Norovirus (vírus Norwalk), Rotavirus, Astrovirus a Adenovirus sa často podieľajú na vzniku infekčných hnačkových foriem (vírusová gastroenteritída).
