Od 2 do 21 dní po infekcii sa objavujú prvé príznaky eboly: horúčka, intenzívna slabosť, bolesť kĺbov a svalov, bolesť hlavy a laryngitída, po ktorých nasleduje zvracanie, hnačka a bolesť brucha. Od piateho do siedmeho dňa sa môže vyvinúť charakteristická vyrážka so škvrnami a malými bublinkami.
V priebehu ochorenia sa môže vyskytnúť zlyhanie pečene alebo obličiek, problémy s koaguláciou a krvácanie z gastrointestinálnych slizníc a pohlavných orgánov. Pacient má zvyčajne 6 až 16 dní na to, aby bojoval a porazil vírus, inak môže vážne krvácanie a kardiovaskulárny kolaps viesť k smrti. Úmrtnosť sa líši podľa kmeňa vírusu Ebola a poskytovanej starostlivosti.
