Presný pôvod vírusu Marburg je stále neznámy. V súčasnosti sa predpokladá, že chorobou, za ktorú je zodpovedná, môže byť zoonóza, ktorú udržiava jedno alebo viacero pôvodných zvierat afrického kontinentu. Doteraz uskutočnený výskum však neumožnil identifikovať prirodzený rezervoár choroby, hoci sa analyzovalo mnoho stavovcov a článkonožcov.
Podľa Svetovej zdravotníckej organizácie ľudia nie sú súčasťou prirodzeného cyklu vírusu, takže nákaza by v podstate pochádzala z náhodného kontaktu s iným infikovaným primátom. V skutočnosti, prenos cez niektoré druhy opíc bol dokumentovaný, pravdepodobne pôsobiť ako "zosilňujúci hostitelia" pre Marburg vírus. Okrem toho niektoré dôkazy naznačujú, že primáty môžu byť zasa infikované vystavením netopierom .
