Pôvod vírusu Ebola nie je známy, ale na základe dostupných dôkazov sa ovocný netopier považuje za prirodzený rezervoár patogénu.
Ovocie netopiere, lepšie známe ako lietajúce líšky, sú veľké netopiere, ktoré obývajú riečne lesy . Sú známe aspoň tri druhy netopierov zdravých vírusom (Ebola nespôsobuje žiadne príznaky u tohto zvieraťa): netopier kladivový (Hypsignathus monstrosus), pálka ovocná z pazúrov Franquet (Epomops franqueti) a netopier ovocný z goliera (Myonycteris torquata).
Ako však infekcia prešla zo zvierat na ľudí? Pre obyvateľov Afriky, veteránov občianskych vojnových rokov, sú netopiere zdrojom výživy. Nielen to. Západné a čínske spoločnosti vstupujúce do džungle za odlesňovaním a hľadaním minerálov zvýšili prax mäsa z krov, tj obchodu a spotreby mäsa pochádzajúceho z voľne žijúcich zvierat. Muži, teda jedenie antilop alebo šimpanzov infikovaných netopiermi ( medziľahlí hostitelia ), môžu nakaziť vírus Ebola a šíriť infekciu.
