Kontrola zdravia stanovená pre vtáčiu chrípku príslušnými útvarmi nie je spojená len s hospodárskym vplyvom vyplývajúcim zo smrti zvierat, ale vyvoláva aj osobitné obavy v súvislosti s verejným zdravím . Najväčšou obavou expertov je, že nové vírusové podtypy sú schopné spôsobiť ochorenie u ľudí a predovšetkým prenášať z človeka na človeka. Vírusy chrípky patriace do typu A v skutočnosti podliehajú fenoménom genetického preskupenia s vysokou frekvenciou; to umožňuje pozoruhodnú schopnosť adaptácie na nových hostí a určuje neustály výskyt nových vírusových kmeňov . Tieto mutácie sa môžu vyskytnúť napríklad vtedy, keď ľudský vírus a vtáčia chrípka "vymieňajú" svoje genetické dedičstvo alebo keď vírus prechádza z jedného živočíšneho druhu do druhého (obzvlášť nebezpečný je prechod z vtákov na ošípané). Existuje preto možnosť, že z nádrže pre zvieratá môže vzniknúť nový vírus, pre ktorý je človek náchylný (ako sa to stalo v minulom storočí, napríklad so španielskymi vírusmi A-H1N1 z roku 1919 alebo Áziou z A-H2N2 z roku 1957).
Prípadný prenos medzi ľuďmi by umožnil šírenie choroby na celom svete, čo by spôsobilo pandémiu vtáčej chrípky . V súčasnosti vírusy s najvyšším potenciálom pandémie zostávajú H5N1 a H7N9, pretože naďalej cirkulujú medzi kurčatami a môžu spôsobiť závažné ochorenie u ľudí. Iné subtypy vírusov by mohli vyvolať pandémiu, ale riziko sa považuje za nižšie.
