Okrem individuálnych ochranných opatrení a kontroly životného prostredia dopravcu možno japonskej encefalitíde zabrániť očkovaním.
Vakcína Ixiaro, ktorú už schválila FDA (Úrad pre kontrolu potravín a liečiv) v USA a ktorú schválila EMEA (Európska agentúra pre lieky), sa podáva intramuskulárne v oblasti deltového svalu (nadlaktie), v 2 dávkach, v druhej dávke ktorý sa naočkuje 4 týždne po prvom. Pre dobrú aktívnu imunizáciu musí byť očkovacia schéma ukončená najmenej jeden týždeň pred možným kontaktom s vírusom japonskej encefalitídy.
Vakcína proti japonskej encefalitíde sa odporúča pre cestujúcich, ktorí zostávajú vonku dlhodobo v endemických oblastiach počas sezóny, v ktorej je prenos infekcie najpravdepodobnejší; nie je však indikovaný u jedincov mladších ako 18 rokov počas tehotenstva a dojčenia.
