Diagnóza africkej trypanozómie sa musí zvážiť u všetkých osôb, ktoré zostali v oblastiach Afriky, ktoré sú považované za rizikové pre túto chorobu.
Prvé štádium spavej choroby je ťažké diagnostikovať, pretože spôsobuje nešpecifické príznaky, ako je horúčka a slabosť. Metódy používané na priamu identifikáciu trypanozómov zahŕňajú analýzu pomocou svetelného mikroskopu vzoriek krvi (rozter alebo hrubá kvapka) alebo aspirácie lymfatických uzlín. Ďalšie nešpecifické laboratórne nálezy ukazujú pancytopéniu, zvýšené VES a PCR a zvýšené hladiny IgM.
Keď parazit napadne centrálny nervový systém a pacienti začnú prejavovať neurologické a psychiatrické symptómy (zlá motorická koordinácia, dezorientácia, kŕče a poruchy spánku), diagnostické posúdenie vyžaduje analýzu vzorky mozgovomiechového moku . Vyšetrenie roztoku umožňuje izolovať trypanozómy a zvýrazniť vysoké hladiny lymfocytov, celkových proteínov, výrazné zvýšenie IgM a charakteristických Mottových buniek (plazmatické bunky s cytoplazmatickými vakuolmi obsahujúcimi imunoglobulíny).
