PH výkalov je normálne neutrálne alebo mierne zásadité (6, 8 - 7, 5). Kyslejšie stolice, fyziologické len u novorodencov, môžu indikovať črevné infekcie (Escherichia coli, Rotavirus) alebo poruchy trávenia, ako je intolerancia na laktózu alebo tuk (steatorea z pankreatickej insuficiencie alebo biliárna stáza).
Ak pH výkalov má tendenciu zvyšovať sa v prítomnosti hnilobnej dysbiózy, má tendenciu klesať v prítomnosti fermentačnej dysbiózy, ktorej príčiny sa nachádzajú v nadmernom požití uhľovodíkov alebo pri zlej absorpcii (celiakia)., Dokonca aj v prítomnosti bohatého príjmu lipidov, vo vegetariánskej strave a dlhšom pôste sa pH výkalov stáva kyselinou.
Aby sa zabránilo skresleniu výsledkov vyšetrenia, výkaly sa nesmú kontaminovať močom a musia sa rýchlo schladiť, aby sa zabránilo tvorbe amoniaku a hnilobných baktérií v moči.